主角是一对可爱的小丑鱼（Clownfish）父子。父亲玛林本来有一个幸福的家庭，但在一场意外中妻子珊珊和大部分孩子都被鲨鱼吃掉，只剩下唯一的儿子尼莫。有一天尼莫被潜水员捉住了，并将它带到了澳洲悉尼湾内的一家牙医诊所。如今为了救回心爱的孩子，玛林也就只有豁出去了。它决心跟上澳洲洋流，踏上寻找自己儿子的漫漫征程。