「月刊ドラゴンエイジ」の連載コミックをアニメ化した魔法学園ストーリーの劇場版第2弾。朝見リリスらと共に遺跡調査を行っていた春日アラタ。その時、全世界の英知を司る天空図書館に導かれた彼らは、アラタそっくりな男に遭遇する。